21/07/2026
Destrucción de historias clínicas en Colombia: qué exige la ley
La historia clínica está sometida a un tiempo mínimo de conservación, a reserva legal y a habeas data. Conozca qué exige la normativa colombiana y cómo destruir estos documentos de forma certificada y segura cuando cumplen su ciclo.
La destrucción de historias clínicas es una de las decisiones documentales más delicadas para cualquier institución prestadora de salud en Colombia. No basta con triturar carpetas o borrar archivos: la historia clínica es un documento sometido a un tiempo mínimo de conservación, a reserva legal y a las reglas de habeas data. Eliminarla antes de cumplir el plazo, o hacerlo sin trazabilidad, expone a la entidad a sanciones y a la pérdida de evidencia clínica. En esta guía explicamos qué exige la normativa y cómo destruir estos documentos de forma certificada y segura cuando cumplen su ciclo.
La historia clínica: un documento con reglas propias
La historia clínica es un documento privado, obligatorio y sometido a reserva que registra de forma cronológica las condiciones de salud del paciente y los actos asistenciales. En Colombia, su manejo está regulado principalmente por la Resolución 1995 de 1999 del Ministerio de Salud, que define quién puede custodiarla, cómo debe conservarse y bajo qué condiciones se accede a ella. A diferencia de un documento administrativo cualquiera, contiene datos sensibles y sirve como evidencia clínica y legal, por lo que su eliminación nunca debe improvisarse.
Tiempo mínimo de conservación antes de destruir
Antes de pensar en eliminar cualquier expediente, la entidad debe verificar que se cumplió el periodo mínimo de conservación. La normativa del sector salud —la Resolución 1995 de 1999 y sus modificaciones, entre ellas la Resolución 839 de 2017— establece un periodo mínimo de retención de la historia clínica contado desde la fecha de la última atención del paciente. Ese plazo se cumple, por regla general, en dos etapas: unos primeros años en el archivo de gestión y el resto en el archivo central antes de que el documento sea susceptible de eliminación.
Antes de autorizar cualquier destrucción conviene confirmar puntos como estos:
- La fecha de la última atención registrada, que marca el inicio del conteo.
- El periodo mínimo de conservación definido por la norma vigente, por lo general referido a quince años.
- Las tablas de retención documental propias de la institución.
- Si existen retenciones especiales por procesos legales, auditorías o requerimientos en curso.
Como la duración exacta puede depender de la norma aplicable y del tipo de documento, la recomendación es no eliminar nada sin verificar el plazo. Destruir una historia clínica antes de tiempo puede constituir una falta grave y dejar a la entidad sin respaldo probatorio.
Reserva y habeas data: por qué el borrado debe ser seguro
La historia clínica está sujeta a reserva: solo pueden acceder a ella el paciente, el equipo de salud tratante y las autoridades en los casos que la ley permite. Además, los datos de salud son datos personales sensibles según la Ley 1581 de 2012 (habeas data), lo que obliga a protegerlos durante todo su ciclo de vida, incluido el momento de la eliminación. Un expediente que se descarta en una caneca, se revende como papel o se borra sin garantías puede terminar en una fuga de información sensible y en una sanción de la Superintendencia de Industria y Comercio.
Por eso la destrucción de historias clínicas debe ser irreversible y trazable, tanto en soporte físico como digital. No se trata solo de eliminar el documento, sino de poder demostrar que se hizo bien.
¿A qué normas responde cada entidad?
Conviene aclarar el marco: los deberes archivísticos de la Ley 594 de 2000 (Ley General de Archivos) aplican a las entidades públicas y a los particulares que cumplen funciones públicas. Para las empresas privadas comunes, las fuentes principales son la Ley 1581 de 2012, el Código de Comercio y las normas propias de su sector. En el caso de la salud, las reglas específicas sobre la historia clínica —Resolución 1995 de 1999 y concordantes— aplican a las IPS y profesionales que la generan, sean públicos o privados.
Cómo se hace una destrucción certificada y en sus instalaciones
Una vez cumplido el plazo y autorizada la eliminación, la destrucción certificada garantiza que el proceso sea seguro y verificable. Un proveedor especializado en destrucción de documentos certificada ejecuta el servicio bajo cadena de custodia y entrega, al final, un certificado de destrucción que sirve como respaldo ante auditorías y autoridades. El proceso suele incluir:
- Recolección o trituración de los expedientes en sus instalaciones, para que los documentos no salgan sin control.
- Cadena de custodia documentada desde el retiro hasta la destrucción final.
- Trituración a un nivel de seguridad que impida reconstruir la información.
- Disposición final responsable del material, con enfoque ambiental.
- Entrega del certificado de destrucción con el detalle de lo eliminado.
Digitalizar antes de destruir: conservar el valor, eliminar el papel
Muchas instituciones optan por digitalizar los expedientes antes de destruir el soporte físico. Así conservan la información consultable, reducen espacio de archivo y mantienen la trazabilidad, mientras eliminan de forma segura el papel que ya cumplió su tiempo. Es una estrategia especialmente útil cuando el volumen de historias clínicas es alto y la consulta debe seguir siendo posible incluso después de retirar el papel.
El respaldo de un proveedor especializado
Manejar la destrucción de historias clínicas con un aliado experto reduce el riesgo legal y reputacional. La entidad se asegura de cumplir el periodo de conservación, proteger los datos sensibles y contar con la evidencia documental que exige el cumplimiento. Si su institución tiene expedientes que ya cumplieron su ciclo, puede solicitar una cotización o ponerse en contacto para recibir asesoría sobre el proceso.
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Preguntas frecuentes
¿Cuánto tiempo se debe conservar una historia clínica antes de destruirla?
La normativa del sector salud fija un periodo mínimo de conservación contado desde la última atención del paciente (por lo general referido a quince años, distribuidos entre el archivo de gestión y el archivo central). Antes de eliminar cualquier expediente conviene confirmar el plazo vigente y revisar las tablas de retención documental de la institución.
¿Qué documento entregan al destruir las historias clínicas?
Se entrega un certificado de destrucción que detalla lo eliminado y sirve como respaldo ante auditorías, ante la Superintendencia de Industria y Comercio y ante las demás autoridades competentes.
¿Se pueden destruir las historias clínicas en las instalaciones de la IPS?
Sí. El servicio puede realizarse en sus instalaciones, con cadena de custodia, para que los expedientes no salgan sin control. Al finalizar el proceso se entrega el certificado de destrucción con el detalle correspondiente.
¿Qué pasa si destruyo historias clínicas antes de cumplir el plazo?
Eliminar una historia clínica antes del periodo mínimo de conservación puede constituir una falta y dejar a la entidad sin respaldo probatorio frente a reclamaciones o auditorías. Además, un manejo inadecuado de estos datos sensibles puede acarrear sanciones por incumplir el habeas data (Ley 1581 de 2012).